Четыре неразрешимых проблемы упрощенки. Как снизить налоговые риски

В Гражданском кодексе сказано, что цена в договоре подряда включает в себя и компенсацию издержек подрядчика, и вознаграждение, которое ему причитается (п. 2 ст. 709 ГК). Поэтому сумма компенсации не образует у упрощенца дохода в смысле статьи 41 НК.
Кроме того, давайте рассуждать от обратного. Заказчик-упрощенец с базой «доходы минус расходы» не вправе признать в расходах сумму компенсации, так как перечень расходов закрытый (п. 1 ст. 346.16 НК). В нем нет расходов в виде возмещения издержек исполнителю по ГПД. А раз что-либо нельзя учесть в расходах, то и в доходы подобные суммы попадать не должны (письмо Минфина от 21.12.2017 № 03-11-11/85518).

Доходы для исчисления единого налога при УСН нужно определять (ст. 346.15 НК) в порядке пунктов 1 и 2 статьи 248 НК. Поэтому в состав доходов для упрощенки следует включать доходы от реализации товаров, работ, услуг, имущественных прав, а также внереализационные доходы. Их нужно определять по правилам статей 249 и 250 НК.
Не нужно учитывать только те доходы, которые прописаны в статье 251 НК. В этой статье ничего не сказано про возмещение командировочных расходов заказчиком подрядчику. Поэтому подрядчик обязан учитывать компенсации в доходах и платить с этих сумм единый налог (письмо Минфина от 19.12.2019 № 03-11-06/2/99606).

Упрощенцы с базой "доходы" обязаны платить авансовые платежи (п. 3 ст. 346.21 НК). За несвоевременную уплату нужно начислить пеню. В случае если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше суммы авансовых платежей пени подлежат соразмерному уменьшению (постановление Пленума ВАС от 30.07.2013 № 57).
Нужно скорректировать размер авансовых платежей по каждому отчетному периоду в соответствии с итоговой суммой налога, и рассчитать пени, исходя из уже скорректированных величин авансовых платежей.
Например, компания начислила авансовые платежи по 40 тыс. руб. за каждый квартал. Но, исходя из итоговой суммы налога, он должен был быть равен 20 тыс. руб. за квартал. Пеню нужно платить с неуплаченного аванса 20 тыс. руб

Действительно, если фактический налог меньше неуплаченных в срок авансов, то пени нужно пересчитать в сторону уменьшения (письма Минфина от 04.09.2018 № 03-02-08/63001 и ФНС от 13.01.2020 № СД-4-3/101@).
Однако для этого придется сверять авансовые платежи нарастающим итогом по каждому отчетному периоду с итоговой суммой налога. Пени следует пересчитать, начиная с того отчетного периода, когда нарастающая сумма авансовых платежей окажется больше итоговой суммы налога.
Например, компания начислила авансовые платежи по 40 тыс. руб. за каждый квартал. Итоговая сумма налога за год — 80 тыс. руб. За I и II кварталы пени пересчитывать не надо (40 тыс. руб. + 40 тыс. руб.). А вот за III и IV квартал пеней не будет вообще, так как начисления превысили факт.

Компании на УСН с объектом "доходы минус расходы", при определении налоговой базы имеют право учесть расходы на подготовку и освоение новых производств, цехов и агрегатов. Расходы на обучение сотрудников в этих целях можно включить в состав налоговых расходов для УСН (подп. 21 п. 1 ст. 346.16 НК).
Этот вид расходов нужно учитывать по правилам, которые содержатся в подпункте 34 пункта 1 статьи 264 НК для исчисления налога на прибыль (п. 2 ст. 346.16 НК).
Организации на УСН вправе уменьшить сумму полученных доходов на сумму расходов на подготовку и переподготовку кадров, состоящих в штате компании, на договорной основе в порядке, предусмотренном в пункте 3 статьи 264 НК (подп. 33 п. 1 ст. 346.16 НК). Эту точку зрения поддерживает Минфин (письмо от 15.01.2020 № 03-11-11/1054).

Обучение работников не входит в подготовку и освоение новых производств. Ссылка на пункт 3 статьи 264 НК не годится. Эта норма говорит об образовательных организациях. А компания, которая обучает работникам на своем производстве, к таковым не относится.
Другие нормы Кодекса также не позволяют учесть подобные расходы налогоплательщика. Ссылки на постановления ФАС Московского от 01.09.2008 № КА-А40/8144-08 и Уральского округов от 19.08.2008 № Ф09-5873/08-С3 несостоятельны. Здесь только сказано, что затраты на обучение персонала не увеличивают стоимость основных средств, а входят в состав прочих расходов. Но перечень затрат из пункта 1 статьи 346.16 НК закрыт, и никаких «прочих расходов» там нет.

Если гражданин фактически занимается предпринимательской деятельностью, то для выполнения налоговых обязанностей, он не вправе ссылаться на то, что не зарегистрирован как ИП (п. 2 ст. 11 НК). Поэтому сам факт - есть статус ИП или нет - значения для расчета суммы налога не имеет. Суд обязывает налоговиков определять сумму налогового обязательства, действительно подлежащую уплате в бюджет (определение ВАС от 11.04.2013 № ВАС-1001/13). Если у ИП есть документы, которые подтверждают затраты на приобретение реализованных впоследствии товаров, то эти затраты имеют прямое отношения к полученным ИП доходам от их продажи.
Этот вопрос прямо в НК не урегулирован, поэтому здесь вполне применим пункт 7 статьи 3 НК про неустранимые противоречия в законе, которые нужно толковать в пользу компаний и ИП.

Особенности исчисления налоговой базы при переходе ИП на УСН с иных режимов налогообложения установлены в статье 346.25 НК. Порядок учета расходов, произведенных ИП на УСН, до его госрегистрации, нормами главы 26.2 НК не регулируется.
В статье 2 ГК предпринимательской деятельностью признается самостоятельная, ведущаяся на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
Так как ИП расходы на покупку товара произвел до госрегистрации - как физическое лицо, то эти расходы на дату их оплаты не были связаны с ведением его предпринимательской деятельности. Они не соответствуют пункту 1 статьи 252 НК (письма Минфина от 28.02.2013 № 03-11-11/88 и от 13.08.2019 № 03-11-11/60923).