В каких случаях возможно избежать негативных последствий при отсутствии первички

Объектом налогообложения по НДС является реализация товаров. При этом налоговая база определяется или при отгрузке товара, или при получении предоплаты (подп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 167 НК РФ). Поскольку в назначении платежа не указано, что данные суммы являются авансом, то у компании не возник момент определения налоговой базы. Для определения объекта налогообложения и установления факта, что НДС по этим суммам не уплачен, необходимо установить операцию, по которой получены данные средства. Без первичных документов доказать реализацию невозможно. Значит, доначисление НДС на эти суммы неправомерно.
Судебная практика подтверждает, что выписка по расчетному счету не может являться основанием для доначисления НДС (постановления федеральных арбитражных судов Восточно-Сибирского от 06.03.12 № А78-4488/2011, Поволжского от 20.12.11 № А12-5213/2011, Центрального от 23.08.11 № А35-2761/2009, Западно-Сибирского от 28.03.11 № А45-12006/2010, Московского от 25.02.10 № КА-А40/856-10 округов).

При проведении налогового контроля инспекция проверяет соответствие данным в представленных декларациях сведениям, содержащимся в иных документах. При выявлении несоответствия налогоплательщик обязан дать пояснения или внести соответствующие исправления (п. 3 ст. 88, п. 12 ст. 89 НК РФ).
Таким образом, возможна ситуация, что в выписке по расчетному счету зачисленная сумма указана как выручка, а в декларациях по НДС она в этом качестве не включалась. Тогда налогоплательщик обязан дать пояснения и обосновать исключение указанной суммы из налоговой базы по НДС. Например, указав, что это была ошибочная квалификация суммы (на основании письма плательщика). Если это доказать невозможно, то отсутствие первичных документов не защитит налогоплательщика от доначисления инспекцией суммы НДС (постановления федеральных арбитражных судов Северо-Западного от 01.12.08 № А56-43925/2007, Уральского от 02.09.09 № Ф09-6426/09-С2 округов).

Согласно пункту 1 статьи 252 НК РФ расходы должны быть документально подтверждены. Но данная норма не устанавливает перечень подтверждающих документов.
Реальность расходов подтверждается не товарной накладной (будь то форма ТОРГ-12 или форма, утвержденная компанией), а внутренними документами хозяйственного учета — актами о приемке товаров, акт о приеме-передаче объектов основных средств, инвентарной карточкой основного средства. Если у компании есть счета-фактуры счета на оплату, платежки, причем они оформлены в соответствии с требованиями, предъявляемыми к ним законодательством, ими тоже можно подтвердить факт операции.
Отсутствие договора или подтверждения оплаты не препятствует признанию расходов, если они могут быть установлены и определены (постановления федеральных арбитражных судов Северо-Западного от 15.02.11 № А56-16132/2010, от 13.11.06 № А56-47433/2005, Западно-Сибирского от 03.03.08 № Ф04-1286/2008(1304-А46-25) округов).

Компании по каждой операции обязаны составлять оправдательные документы. До 2013 года действовало требование о применении унифицированных форм, с 2013 формы первичных документов должен утверждать руководитель компании. В любом случае первичный документ должен содержать обязательные реквизиты, указанные в ст. 9 как нового, так и старого Закона о бухгалтерском учёте.
При отсутствии первичных документов операцию нельзя считать документально подтвержденной (постановления федеральных арбитражных судов Московского от 16.08.11 № А40-133852/10-129-408, Уральского от 11.10.10 № Ф09-8323/10-С3 округов).
Таким образом, на сегодняшний день, если нет базового первичного документа, позволяющего однозначно определить основание расходов а (к примеру, договор, внутренний документ компании, накладная ТОРГ-12), признание ть их в налоговом учете сопряжёно с высоким налоговым риском.

Право налогоплательщика на своевременный зачет или возврат сумм излишне уплаченных или излишне взысканных налогов, пеней, штрафов гарантировано подпунктом 5 пункта 1 статьи 21 НК РФ. Порядок зачета или возврата налога определяется статьей 78 НК РФ. Пунктом 3 статьи 78 НК РФ на налоговый орган возложена обязанность в случае выявления переплаты налогов сообщить об этом налогоплательщику. На основании полученных данных налогоплательщик может подать заявление на возврат или зачет переплаты. Такое заявление может быть подано не позднее трех лет со дня уплаты указанной суммы. Этот порядок установлен пунктами 4, 6, 7 статьи 78 НК РФ.
Таким образом, кодекс не предусматривает обязанности предоставления налогоплательщиком дополнительных доказательств переплаты. Федеральный арбитражный суд Западно-Сибирского округа в постановлении от 12.04.12 № А81-2985/2011 указал, что при отказе возврата налога обязанность доказывания обоснованности этого решения лежит на налоговой инспекции.

В случае возникновения сомнений в правильности заполнения лицевого счета налогоплательщика, суды вправе потребовать предоставления им доказательств переплаты в соответствии с частью 1 статьи 65 АПК РФ. Факт переплаты устанавливается путем сопоставления данных о подлежащих уплате налога и данных о перечислениях. Такой вывод сделан в постановлении Президиума ВАС РФ от 28.02.06 № 11074/05.
Суды неоднократно принимали решения по таким вопросам не в пользу налогоплательщиков, если те не могли представить подтверждения уплаты налогов. В частности, суды указывают, что отсутствие платежных документов не позволяет установить наличие переплаты по налогу. А лицевые счета не являются достаточным доказательством такой переплаты (постановления федеральных арбитражных судов Северо-Западного от 20.07.12 № А52-3275/2011, от 05.12.11 № А56-19981/2011, Московского от 16.01.12 № А40-14822/11-75-82, Поволжского от 08.07.11 № А55-19998/2010, от 18.10.11 № А55-25233/2010).

Согласно подпункту 8 пункта 1 статьи 23 НК РФ налогоплательщики обязаны обеспечивать сохранность документов, необходимых для исчисления и уплаты налогов, в течение 4 лет. Также подлежат сохранению документы, подтверждающие доходы и расходы налогоплательщика.
Однако вексель является не только документом налогового контроля, но и ценной бумагой - имуществом компании (п. 2 ст. 130, ст. 143 ГК РФ). А собственник вправе распорядиться своим имуществом любым способом, в том числе уничтожив его. Такое право декларировано пунктом 1 статьи 209 ГК РФ.
Данный вывод подтверждают постановления федеральных арбитражных судов Северо-Западного от 29.03.11 № А56-42994/2010, Московского от 21.10.04 № КА-А40/9674-04 округов. Суды указали на то, что вексель не является первичным документом, подтверждающим доходы и расходы. Соответственно, компания не обязана его сохранять. Первичными документами в таких случаях являются акты приемки-передачи векселя и иные документы по сделкам.

Вексель является первичным документом, который подтверждает, в частности, расходы компании, учитываемые или нет в целях налогообложения прибыли. Соответственно, такой вексель является первичным документом (оригиналом), подтверждающим доходы и расходы компании.
Следовательно, на вексель распространяется требование о сохранности его как документа налогового контроля в течение 4 лет. Возможность наступления неблагоприятных налоговых последствий при уничтожении векселей подтверждает постановление Федерального арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 23.09.08 № Ф08-5723/2008.
А возражения, приведенные оппонентом, можно применить абсолютно к любому документу компании — в том числе к декларациям, договорам, счетам. Они также являются вещами — собственностью и имуществом компании.